Una de las actividades que realiza la COMAR, es el establecimiento de relaciones de colaboración con dependencias gubernamentales, organismos internacionales, organizaciones de la sociedad civil, y en general, con cualquier institución que otorgue directamente apoyos o servicios que los refugiados requieran.
La Asistencia Institucional que proporciona la COMAR, consiste, inicialmente, en identificar las necesidades que presenta cada refugiado, y elaborar, con la participación del propio refugiado, un plan de atención a seguir. Posteriormente, la COMAR establece contacto con la(s) dependencia(s) o institución(es), con la finalidad de que sean atendidas las necesidades particulares de cada refugiado.
Los refugiados deben acudir directamente ante las dependencias o instituciones, a realizar los trámites necesarios para recibir los apoyos o servicios que requieren. Si el refugiado presenta alguna dificultad, al realizar trámites o acceder a servicios, derivada de su condición de refugiado, la COMAR puede intervenir con la finalidad de orientar y apoyar al refugiado.
La Asistencia Institucional que proporciona la Coordinación General de la Comisión Mexicana de Ayuda a Refugiados, cubre principalmente los siguientes aspectos:
Atención social. En la que se consideran: aprendizaje del español, salud, educación, ayuda para subsistencia y programas de bienestar social.
Niñas, niños o adolescentes solicitantes y refugiados. Atención integral a niñas, niños o adolescentes no acompañados o separados, considerando en todo momento su interés superior.
Reunificación Familiar. Solicitudes de internación al país de familiares del refugiado, entre los cuales se encuentran el cónyuge, concubinario, concubina, hijos, parientes consanguíneos hasta el cuarto grado, parientes consanguíneos del cónyuge, concubinario, concubina, hasta el segundo grado que dependan económicamente del refugiado, así como la capacidad económica para su manutención.
Integración al país. Capacitación para el trabajo; orientación para la naturalización, orientación y apoyo para trámites ante dependencias gubernamentales.
Asuntos migratorios. Regularización migratoria, así como obtención de documentos de identidad y viaje.